ゲノム解析とストレージ【第1回】

HDDが駄目なら「QLC」で　ゲノム解析が求めた“普通じゃない要求”とは？

膨大な量のデータを処理するゲノム解析には、どのようなストレージが必要なのか。フランスの医療協力連合SeqOIAが新たに導入したストレージシステムとは。

公開 2023年02月15日 05時02分

更新 2024年04月06日 15時57分

著者

Yann Serra

Antony Adshead

[TechTarget]

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　フランスの医療協力連合（GCS：Groupement de Cooperation Sanitaire）であるSeqOIA（Sequencing Omics, Information Analysis）は、フランスにおけるゲノム解析を推進する役割を担う。SeqOIAが進めるゲノム解析では、特殊な要件を満たすインフラが必要だった。どのようなストレージシステムを導入したのか。

ゲノム解析の要件を満たしたストレージとは

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　SeqOIAの情報システム担当ディレクターを務めるアルバン・レルミン氏は、「ゲノム解析で患者の遺伝的事象を特定することは、病態の理解促進や治療法の解明に役立つ」と話す。例えば、がんや希少疾患の遺伝的な説明が可能となる他、医師が最適な治療法を決定したり、遺伝性疾患の可能性について家族へ助言したりする場合に役立つ。

　フランス政府は国内のゲノム解析を推し進める計画「PLAN FRANCE M EDECINE G ENOMIQUE 2025」（PFMG 2025）を2016年に立ち上げた。この計画で必要になったのが、高いスループット（データ伝送速度）でゲノムシーケンス（ゲノム解析手法の一つ）を実現するためのインフラ構築だった。これを実現するための技術的な障壁を取り除くため、2018年にSeqOIAの取り組みが始動した。

　SeqOIAは2022年3月、ゲノム解析を支えるストレージとして、ストレージベンダーVAST Dataのストレージシステム「Universal Storage」を導入した。同製品は、1つのメモリセルに4bitを格納する記録方式「クアッドレベルセル」（QLC）のNAND型フラッシュメモリを搭載する。SeqOIAは同製品を導入したことで、ゲノム解析に必要なIOPS（1秒間に処理する入出力数）の要求を満たすことができた。これはHDDを用いたストレージクラスタでは実現できなかったことだという。

　第2回は、SeqOIAが従来のストレージシステムで抱えていた課題を紹介する。