一見すると、WebアプリはVDIにとって最適に思える。ユーザーはWebブラウザさえあれば、Webアプリの全てにアクセスできる。だが現実には、非WindowsアプリケーションはVDI環境に多大な負荷をもたらしかねない。

　特定のWebブラウザにしか対応していないアプリケーションや、特定のプラグインがなければ機能しないアプリケーションも数多い。例えば数年前、一部の組織では「Internet Explorer 6」からアップグレードする際に重大な問題に見舞われた。初期のカスタムWebアプリケーションの多くが、他のブラウザには対応していなかったのだ。ユーザーが「Google Chrome」や「Mozilla Firefox」を使いたいと思っても、レガシーアプリを使うためにはInternet Explorer 6が必要だったことから、IT部門はVDIイメージ上に3つの違うWebブラウザをインストールしなければならなかった。

モバイル向けアプリ

　モバイル向けアプリは、多くの場合、機能を限定したWebアプリ版が存在する。これがVDIにとっては課題となっている。

　例えば多くの銀行のWebサイトは、そのモバイルアプリよりも使いにくい。結果として、ユーザーがデスクに座り、大型モニターの前で自分のスマートフォンを使って作業をこなすことも珍しくない。Webよりもモバイルアプリの方が使いやすいからだ。

　一時はVDIベンダーが、データセンター内の仮想マシン（VM）でGoogle Androidを実行し、VDIでモバイル向けアプリを使うことができる製品を開発していた時期もあったが、そうした製品は普及しなかった。結果としてIT部門は、モバイル端末でアプリケーションを使うユーザーを受け入れるかどうかの選択を迫られる。

Linuxアプリ

　Linuxアプリは、企業の中で何年もの間、特別な位置付けの非Windowsアプリケーションの1つだった。ITプロフェッショナルにはLinuxをサポートする手段がなかったことから、VDIとは別にこれを管理しなければならなかった。そうしたアプリにはCADが含まれる。

　LinuxアプリをVDIで使うには、ユーザーはLinuxワークステーションとLinux向けVDIクライアントを使って会社のデスクトップにアクセスする。この2年の間に、Linuxは、VMwareとCitrix Systemsの両方のVDI製品で利用できるようになってきた。VDIのサポートとともに、VMがハードウェアGPUをサポートするようになり、CADアプリがVDIで使いやすくなった。

Macの難題

　クリエイティブチームは多くの場合、PCよりもMacの方がビジュアルデザインの作業に適しているという理由でMacの使用を求める。通常、IT部門はMacにVDIクライアントをインストールして、クリエイティブチームにVDIでWindowsデスクトップを提供する。

　しかし、アプリケーションの中にはMac版しか存在せず、代替がないものもある。Mac向けリモートデスクトップサーバ製品の「Aqua Connect Remote Desktop Services」では、データセンター内のMacでアプリを起動し、クライアントからアクセスさせることができる。