2020年11月02日 10時00分 公開
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ゲノム医療研究を支えるHPC環境、高速な演算性能だけでない大きなメリットとは日本ヒューレット・パッカード株式会社提供ホワイトペーパー

生命科学・ゲノム医療研究には、多様な解析要求に対応し、高速な処理を行うHPC環境が欠かせない。国立遺伝学研究所では、HPCプラットフォームの刷新により約1.1ペタFLOPSの総理論演算性能に加え、研究者の負荷軽減にも成功したという。

[ITmedia]

 国内における生命科学・ゲノム医療研究の中核を担う国立遺伝学研究所(遺伝研)では、スーパーコンピュータシステムにより、世界で共有されるDNAデータベースの構築、そして研究者への強力な計算リソースの提供に取り組んでいる。この分野では、ヒトゲノムの解析と臨床応用に向けた次世代シーケンサーの利用により爆発的なデータ増大がもたらされた。HPCのさらなる性能向上は欠かせないミッションだった。

 この背景から、2019年に遺伝研はスーパーコンピュータシステムを刷新。最新の大規模メモリ共有型システムと大規模クラスタ型システムから構成される新システムの運用を開始した。従来比2.2倍となる総理論演算性能は約1.1ペタFLOPSに及ぶ。加えて、3種類の計算ノードを用意することで、解析要求に最適な計算リソースを提供できる体制を整えた。

 さらに注目されるのが、研究者の要求に対して迅速かつ効率的に対応するためのクラスタ管理ツールだ。OSやAI関連のフレームワーク、ライブラリなどの管理・展開が容易になる他、Singularityコンテナも手間なく扱えるようになった。本資料では、この遺伝研の取り組みから、HPC環境構築のポイントを明らかにする。