スーパーコンピュータシステムにより、DNAデータベースの構築や研究者への強力な計算リソースの提供に取り組む国立遺伝学研究所。多様化する解析要求への対応や研究者の負荷軽減を目的に、同研究所が構築した新たなHPC環境とは？
国内における生命科学・ゲノム医療研究の中核を担う国立遺伝学研究所（遺伝研）では、スーパーコンピュータシステムにより、世界で共有されるDNAデータベースの構築、そして研究者への強力な計算リソースの提供に取り組んでいる。この分野では、ヒトゲノムの解析と臨床応用に向けた次世代シーケンサーの利用により爆発的なデータ増大がもたらされた。HPCのさらなる性能向上は欠かせないミッションだった。
この背景から、2019年に遺伝研はスーパーコンピュータシステムを刷新。最新の大規模メモリ共有型システムと大規模クラスタ型システムから構成される新システムの運用を開始した。従来比2.2倍となる総理論演算性能は約1.1ペタFLOPSに及ぶ。加えて、3種類の計算ノードを用意することで、解析要求に最適な計算リソースを提供できる体制を整えた。
さらに注目されるのが、研究者の要求に対して迅速かつ効率的に対応するためのクラスタ管理ツールだ。OSやAI関連のフレームワーク、ライブラリなどの管理・展開が容易になる他、Singularityコンテナも手間なく扱えるようになった。本資料では、この遺伝研の取り組みから、HPC環境構築のポイントを明らかにする。
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