クラウド型デスクトップには多くの利点があるが、欠点が全く無いわけではない。企業によっては、信頼性やレイテンシ、ライセンス、セキュリティなどの問題がネックとなり、最良の選択肢とはならない場合もある。
クラウド型デスクトップは一部のIT部門にとっては、仮想デスクトップインフラ（VDI）に取って代わる優れた選択肢となるが、幾つかのデメリットもある。
クラウド事業者が仮想デスクトップをホスティングしてユーザーに配信するタイプの仮想デスクトップサービスは、DaaS（Desktop as a Service）とも呼ばれる。DaaSは、外出先の従業員に仮想デスクトップを提供するための、低コストでスケーラブルな方法を探しているIT部門の間で人気を集めている。中には、VDIの代替選択肢としてDaaSを検討するIT部門も出てきている。ただし、クラウド型デスクトップには、レイテンシ、セキュリティ、ライセンスコストといった潜在的な問題が潜んでいる。
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