新規開業時に導入する場合とは異なり、既に開業している診療所の電子カルテ導入には幾つかの注意点があります。まず「日々行われている業務の流れが大幅に変わってしまう」こと、「電子カルテを導入しても、過去の紙カルテやフィルムが残る」こと、「既存のレセプトコンピュータ（以下、レセコン）からのデータ移行が生じる」ことなどです。
レセコンは電子カルテよりも導入率が高いITシステムです（関連記事：前年比2倍以上の普及率、レセプト請求オンライン化の現状）。既存の診療所ではレセコンを既に導入しているケースが多いでしょう。その場合、既存のレセコンと新しく購入する電子カルテとの連携に注意する必要があります。2つのシステムのデータ連携が可能な条件として、現在は「レセコンと電子カルテが同じメーカー」であり、「電子カルテとの接続が可能な比較的新しいバージョンのレセコン」であることが必須条件となります。そのため、新たに電子カルテを導入する場合、既存のレセコンを廃棄してリプレースしなければならない可能性もあります。
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